Sechs Monate, nachdem die Revolte gegen die Maschinen unter der Führung von Neo (Keanu Reeves), Trinity (Carrie-Anne Moss) und Morpheus (Laurence Fishburne) begonnen hat, erfahren die Freiheitskämpfer in The Matrix Reloaded endlich mehr über Neos Kräfte als Auserwählter. Es können immer mehr Menschen befreit und nach Zion gebracht werden. Aber schon müssen die Bewohner sich rüsten, denn eine gewaltige Maschinenarmee steht vor den Toren Zions. Die Bewohner werden mehr als nur Waffen brauchen um das zu überstehen.