Nachdem ein Atomkrieg im vorangegangenen Teil der „Planet der Affen“-Reihe die Erde verwüstet hat, führen die überlebenden Affen und Menschen unter der Führung des Schimpansen Caesar (Roddy McDowall) ein ruhiges Leben in einem kleinen Dorf. Caesar, der Sohn der beiden menschenfreundlichen Schimpansen Zira und Cornelius (Bobby Porter) aus den vorangegangenen Teilen, möchte aber mehr über seine Identität und Herkunft wissen. Deswegen macht er sich zusammen mit dem Menschen MacDonald (Austin Stoker) und dem Orang-Utan Virgil (Paul H. Williams) auf den Weg in die „tote Stadt“, einem Relikt der vorangegangenen menschlichen Zivilisation. Dort befinden sich möglicherweise noch Aufzeichnungen über die Vergangenheit, die Caesars Fragen beantworten können. Aber kaum haben sie die „tote Stadt“ erreicht, werden sie von mutierten Menschen angegriffen, die dort ein freies Leben jenseits der Affen führen wollen. Das führt dazu, dass auch in Caesars Siedlung die alten Gräben zwischen Affen und Menschen neu aufreißen.