Nach all der Zerstörung, die mit der Abwehr globaler Bedrohungen durch die Avengers einhergegangen ist, ist die US-Regierung der Meinung, dass es eine stärkere Kontrolle der Superhelden braucht. Man beschließt daher eine Instanz zu schaffen, die dafür Sorge tragen soll, dass die Helden nur noch auf Anweisung aktiv werden und Bericht erstatten. „Iron Man“ Tony Stark (Robert Downey Jr.) unterstützt den Plan. Er hat nach der gescheiterten Schöpfung des feindseligen Super-Roboters Ultron aus erster Hand erfahren müssen, was passieren kann, wenn man auf eigene Faust handelt. Doch Steve Rogers alias Captain America (Chris Evans) weiß nur zu gut, wie eine solch mächtige Organisation missbraucht werden kann. Er stellt sich gegen das Vorhaben, sodass es zur Auseinandersetzung mit seinem Kollegen kommt.