Die SG-1 Crew und General Jack O\'Neill (Richard Dean Anderson) wohnen der Extraktion des letzten Systemlords Ba\'al, der allerdings nur ein Klon ist, bei, als plötzlich Vala (Claudia Black) und Teal\'c (Christopher Judge) verschwinden. Der echte Ba\'al (Cliff Simon) ist ins Jahr 1939 zurück gereist um die Zeitlinie zu ändern. Als Carter (Amanda Tapping), Daniel (Michael Shanks) und Colonel Mitchell (Ben Browder) wieder auf die Erde zurückkehren, weiß niemand etwas über das Stargate Projekt. Ein Jahr später greift Ba\'al die Erde an, um die Menschheit zu versklaven und das ehemalige Stargate Team wird beauftragt, die ursprüngliche Zeitlinie wiederherzustellen...