Als vor über 28 Jahren erstmals Außerirdische über Johannesburg auftauchen, ist man nicht sicher, ob dies in feindlicher oder fortschrittlicher Absicht geschieht. So werden die Aliens übergangsweise in einer speziellen Notunterkunft, dem District 9, untergebracht. Als die Regierung nach fruchtlosen Verhandlungen die Verantwortung für die hilflosen Wesen einer privaten Firma übergibt, will diese sie für Waffenexperimente missbrauchen. Dazu werden sie umgesiedelt, wobei sich ein Mitarbeiter mit einem mysteriösen Virus ihrer DNA infiziert.