Thomas (Dylan O’Brien) und seine Mitstreiter sind zwar dem Labyrinth entkommen, doch sind sie damit noch lange nicht in Sicherheit. Nachdem sie von der ominösen Organisation WCKD betrogen wurden, wartet mit der Brandwüste direkt die nächste große Herausforderung auf sie. Gemeinsam mit seinen Freunden Minho (Ki Hong Lee) und Newt (Thomas Brodie-Sangster) muss Dylan sich durch die trostlose Landschaft kämpfen – immer mit dem Ziel vor Augen, mehr über die finsteren Pläne des WCKD und seines skrupellosen Leiters Janson (Aidan Gillen) sowie den Grund für die ihnen auferlegten Prüfungen zu erfahren. Dabei treffen sie bald auf eine Gruppe Widerstandskämpfer, denen sie sich anschließen, um den zahlreichen todbringenden Gefahren zu trotzen, die das verbrannte Ödland für sie bereithält, und dessen verborgene Geheimnisse zu lüften.