Antonina (Jessica Chastain) ist mit Jan Zabinski (Johan Heldenbergh) verheiratet, der im Polen der 1930er Jahre den beliebten Warschauer Zoo leitet und auch in seiner Villa viele Tiere beherbergt. Doch als am 1. September 1939 Nazi-Deutschland seine Invasion in Polen startet, fallen die Bomben auch auf den Zoo und das Ehepaar schließt sich dem polnischen Widerstand an. Sie versuchen zu verhindern, dass ihre geliebten Tiere unschuldige Opfer des Zweiten Weltkrieges werden. Als klar wird, dass auch vielen Juden ihres Heimatlandes ein furchtbares Schicksal droht, bieten sie diesen Verfolgten eine Zufluchtsstätte an.